Fusion360の座標軸x,y,zは、デフォルトでは縦方向がyになリます。
気分的には、縦方向はzな感だったので若干違和感がありますが
2次元での図面上の正面図をメインに考えた場合yでも正しいのかもしれません。
blenderとかFreeCADでは縦方向は、zなので一度インポートして確認して見ました。
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起動直後のfusion360の座標軸

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blenderでTorusを生成してx=20,y=40,z=10に変形させてSTLファイルにエクスポート

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Fusion360にupload

Fusion360の座標軸表示が縦方向zに変わってますね。STLファイルの情報が
反映されてるんですかねぇ。
Fusion360は、座標軸のxyzの設定を後で変えらるようです。
変更方法は座標軸表示あたりを触って変えることができるようです。