KiCadに限った話ではないのですがPATHの設定とかショートカットキーとかの設定変更をするのにGUI上でメニューからその設定変更メニューを探して設定変更することにするのが普通です。

KiCadは回路図CADからプリント基板CAD及びその他設計時に有用なTool群が個別に動作する統合環境ですので各々設定するところがあるわけです。で、幸いなことにKiCadの環境設定ファイルは、テキスト形式ですのでテキストエディタで編集が可能です。なので環境設定ファイル(configuration file)の場所と種類を把握しておけば直接、環境設定ファイルを編集して設定変更することが可能になるわけです。

環境設定ファイルがあるディレクトリは以下の通りです。

Linux Mintの場合	{$HOME}/.config/kicad
macOSの場合	{$HOME}/Library/Preferences/kicad
windows10の場合	C:￥Users￥<ユーザ名>￥AppData￥Roaming￥kicad

ファイルの種類は以下の通りです。設定ファイルの中には一度起動しないと生成されていないものもあると思います。

ファイル名	内容
Eeschema.hotkeys	回路図CAD、シンボルライブラリエディタのホットキー設定
PcbNew.hotkeys	基板CAD、フットプリントエディタのホットキー設定
cvpcb	フットプリントエディタの初期設定
eeschema	cvpcb(回路図シンボルとフットプリントの関連付けTool)の初期設定ファイル
fp-lib-table	フットプリントライブラリのPATH一覧
gerbview	ガーバービューアの初期設定ファイル
kicad	KiCadプロジェクトマネージャーの初期設定
kicad_common	KiCad共通の設定、PATH変数の設定もここ
pcb_calculator	PCB Calculatorの初期設定
pcbnew	プリント基板CADの初期設定
sym-lib-table	回路図シンボルエディタの初期設定
3d/3Dresolver.cfg	3Dモデリングの追加したPATH

編集される場合は、自己責任でお願いします。